کنسرسیوم جهانی از دانشمندان، به رهبری موسسه Earlham و دانشگاه لیورپول در بریتانیا، نقطه عطف مهمی را در تجهیز محققان در کشورهای با درآمد کم و متوسط (LMICs) به روش‌های کم‌هزینه و مقرون به صرفه برای توالی‌یابی بزرگ رقم می‌زند. مجموعه ای از پاتوژن های باکتریایی کمتر از 10 دلار آمریکا برای هر ژنوم.
در زمانی که نظارت ژنومی جهانی ویروس کرونا در کانون توجه قرار دارد، توانایی کشورها برای مشارکت از طریق توالی‌یابی ارزان و سریع در سراسر ژنوم (WGS) اهمیت فزاینده‌ای پیدا می‌کند. روش های منتشر شده در زیست شناسی ژنوم می توان آن را در مجموعه های بزرگی از پاتوژن های باکتریایی اعمال کرد و همکاری تحقیقاتی جهانی را برای رسیدگی به همه گیری های آینده تقویت خواهد کرد.
در طول دهه گذشته، WGS درک اپیدمی های میکروبی را متحول کرده است. داده‌های WGS را می‌توان برای مشاهده، عملکرد ژنومیک و مطالعه تکامل پاتوژن‌ها مورد استفاده قرار داد، که هم دانشمندان بهداشت عمومی و هم محققان را به اتخاذ رویکردهای مبتنی بر ژنوم ترغیب می‌کند.
تعیین توالی ژنومی هزاران میکروارگانیسم گران است - عمدتاً به دلیل هزینه حمل و نقل نمونه ها و ساخت کتابخانه های DNA - در حالی که نیاز به مجموعه ای از توالی های ژنومی پاتوژن های کلیدی در سال های اخیر به طور قابل توجهی افزایش یافته است.
تا به حال، پروژه های ژنوم باکتریایی در مقیاس بزرگ فقط در تعداد معدودی از مراکز توالی یابی در سراسر جهان انجام می شد. با این مطالعه تیمی از دانشمندان توانستند این فناوری را در اختیار آزمایشگاه های سراسر جهان قرار دهند.
26 سال از توالی یابی اولین ژنوم باکتری می گذرد و اکنون می توان جدایه های باکتری را در مقیاس وسیع توالی یابی کرد. پروفسور نیل هال، نویسنده این مطالعه و مدیر موسسه Earlham، گفت: با این حال، دسترسی دانشمندان در کشورهای با درآمد کم و متوسط به این فناوری تغییر دهنده بازی محدود است.
"نیاز به "دموکراتیزه کردن" زمینه تجزیه و تحلیل ژنومی پاتوژن ها، ما را بر آن داشته است تا یک استراتژی جدید برای تعیین توالی هزاران جدایه باکتری با همکاران مستقر در بسیاری از کشورهای دارای چالش اقتصادی ایجاد کنیم."
10 هزار سویه سالمونلا
روی بدن تمرکز کنید سالمونلا انتریکایک پاتوژن جهانی که باعث عفونت ها و بیماری های کشنده می شود، این طرح توالی ژنومی در مقیاس بزرگ توسط کنسرسیوم جهانی برای مطالعه ژنوم 10000 سالمونلا (10KSG) با دانشمندانی از 16 کشور رهبری شد.
اهداف 10KSG این است که داده های ژنومی را برای کشورهای کم درآمد و متوسط در دسترس قرار دهد، به ویژه به این دلیل که میزان مرگ و میر سالمونلا در جنوب صحرای آفریقا بسیار بالا است. درک ساختار ژنتیکی مجموعه‌های قابل توجهی از این گونه‌های باکتری ضروری بود و این پروژه 10000 ژنوم سالمونلا را از آفریقا و آمریکای لاتین توالی‌یابی و آنالیز کرد.
رویکرد ابتکاری WGS این محقق با هدف ساده‌سازی اکتساب و توالی‌یابی ژنوم باکتری در مقیاس بزرگ و جمع‌آوری مواد ژنتیکی بیش از 10400 ایزوله باکتری بالینی و محیطی از LMICها در کمتر از یک سال انجام شد.
خط لوله لجستیک برای نمونه ها که توسط دانشگاه لیورپول توسعه یافته است، با ارسال ایزوله های باکتری غیرفعال حرارتی به عنوان "ترمولیزات" در شرایط محیطی از سراسر جهان به بریتانیا بهینه شده است. جدایه‌ها متعاقباً در مؤسسه Earlham با استفاده از پروتکل منحصر به فرد LITE، یک روش خودکار کم‌هزینه و کم ورودی برای توالی‌یابی سریع ژنوم، توالی‌یابی شدند. به طور کلی، ساخت کتابخانه ژن و تجزیه و تحلیل اطلاعات زیستی برای تعیین توالی DNA با هزینه کل معرف کمتر از 10 دلار (حدود 7.50 پوند پوند) برای هر ژنوم انجام شد.
پروفسور پاتوژنز میکروبی و نویسنده این مطالعه، جی هینتون از دانشگاه لیورپول، گفت: "یکی از مهم ترین چالش های پیش روی محققان بهداشت عمومی در کشورهای LMI، دسترسی به فناوری پیشرفته است. برای ترکیبی از لجستیک و اقتصادی بنا به دلایلی، مناطق مرتبط با بیشترین بار بیماری های باکتریایی شدید از گسترش گسترده WGS بهره مند نشده اند. پروژه ژنوم سالمونلا 10000 برای مقابله با این نابرابری ایجاد شد.
دکتر بلانکا پرز سپولودا، محقق دکترا و نویسنده این مطالعه از دانشگاه لیورپول، که سرپرستی جمع‌آوری، بهینه‌سازی و تجزیه و تحلیل جهانی نمونه‌ها را بر عهده دارد، افزود: اتخاذ توالی‌یابی ژنوم در مقیاس بزرگ و آنالیز پاتوژن باکتریایی مزیت بزرگی برای عموم خواهد بود. بهداشت و نظارت در کشورهای LMI در اینجا ما یک خط لوله کارآمد و نسبتا ارزان برای جمع آوری و توالی یابی ژنوم های باکتری در سراسر جهان ایجاد کرده ایم.
باکتری های کشنده
سالمونلا غیر تیفوئیدی (NTS) به طور گسترده با انتروکولیت در انسان همراه است، یک بیماری مشترک بین انسان و دام که با صنعتی شدن تولید مواد غذایی مرتبط است. با توجه به مقیاس آنتروکولیت انسانی و نگرانی های ایمنی غذا، توالی های ژنومی بیشتری برای سالمونلا نسبت به هر جنس دیگری تولید شده است.
در سال‌های اخیر، خطوط جدید سرووار NTS تیفی موریوم و انتریتیدیس به‌عنوان علل شایع عفونت‌های تهاجمی جریان خون (بیماری iNTS) شناخته شده‌اند که مسئول حدود 77000 مرگ سالانه در سراسر جهان هستند.
تقریباً 80 درصد از مرگ و میرهای ناشی از بیماری iNTS در جنوب صحرای آفریقا رخ می دهد. خطوط جدید سالمونلا که مسئول عفونت‌های جریان خون هستند را می‌توان با ژنومیک به دلیل تخریب ژن، مخزن پروفاژ تغییر یافته و پلاسمیدهای جدید مقاوم به چند دارو شناسایی کرد.
پروفسور نیل هال افزود: «تعداد ژنوم‌های توالی‌یابی شده سالمونلا در دسترس عموم در سال 2021 به 350000 رسید و از چندین مخزن آنلاین در دسترس است. با این حال، نظارت محدود مبتنی بر ژنوم برای عفونت های سالمونلا در کشورهای LMI انجام شده است، و مجموعه داده های موجود به طور دقیق پاتوژن های سالمونلا را که در حال حاضر باعث بیماری در سراسر جهان می شوند، نشان نمی دهد.
خط لوله جهانی
دکتر دارن هاونز، محقق فوق دکترا در موسسه Earlham که خط لوله تعیین توالی ژنومی را توسعه داد، گفت: بیماری و گاستروانتریت در انسان و به باکتری های مشتق شده از حیوانات و محیط گسترش می یابد.
خط لوله ما یک ابزار مقرون‌به‌صرفه و قوی برای تولید داده‌های ژنومی باکتری از کشورهای LMI است تا امکان تحقیق در مورد اپیدمیولوژی، مقاومت دارویی و عوامل بیماری‌زایی جدایه‌ها را فراهم کند.
توسعه کنسرسیوم جهانی 10KSG که شامل همکارانی از 25 موسسه، تحقیقات و آزمایشگاه های مرجع از 16 کشور است. اعضای 10KSG دسترسی به 10419 ایزوله باکتری به دست آمده از 51 LMIC و منطقه را فراهم کردند - که هفت جنس باکتریایی را پوشش می‌دهند: اسینتوباکتر، انتروباکتر، کلبسیلا، سودوموناس، شیگلا و استافیلوکوک - هماهنگی مجموعه‌ای از توالی‌های نمونه برای انتقال و انتقال.
پروفسور هال گفت: "منابع محدود بودجه ما را به طراحی یک رویکرد ژنومی سوق داده است که ردیابی دقیق نمونه را تضمین می کند و فراداده های جامع را برای جدایه های باکتریایی جمع آوری می کند، در حالی که هزینه ها را برای کنسرسیوم به حداقل می رساند." "این خط لوله جمع آوری و توالی یابی نمونه ها از LMICها را در مقیاس بزرگ ساده می کند. یک محرک کلیدی تسهیل دسترسی به WGS و فعال کردن تلاش‌های مشترک در سرتاسر جهان برای تولید مجموعه‌ای قابل توجه آموزنده و پایدار از داده‌های ژنومی بود.
گزارش "رویکردی مقرون به صرفه، موثر و جهانی برای تعیین توالی ژنوم باکتریایی در مقیاس بزرگ" در زیست شناسی ژنوم.
نقل قول: توالی ژنوم موجود برای تجزیه و تحلیل پاتوژن برای کمک به مقابله با اپیدمی های جهانی (2021، 20 دسامبر)، بازیابی شده در 20 دسامبر 2021 از https://phys.org/news/2021-12-genome -sequencing-pathogen-analysis-tackle.html
این برگه یا سند یا نوشته تحت پوشش قانون کپی رایت است. به جز هرگونه معامله منصفانه به منظور تحقیق یا مطالعه خصوصی، هیچ بخشی بدون اجازه کتبی قابل تکثیر نیست. محتوا فقط برای مقاصد اطلاعاتی ارائه شده است.
[ad_2]
مقالات مشابه
- مغلوب ساختن پیشی جستن می گوید او به کاخ سفید پناهگاه برای 'بازرسی,' نه به خاطر تظاهرات
- حذف اسباب بازی For Good
- شرکت صادرات و واردات کالاهای مختلف از جمله کاشی و سرامیک و ارائه دهنده خدمات ترانزیت و بارگیری دریایی و ریلی و ترخیص کالا برای کشورهای مختلف از جمله روسیه و کشورهای حوزه cis و سایر نقاط جهان - بازرگانی علی قانعی
- کلید واژه ها: کاخ سفید عناد نسبت به Fauci ممکن است تشدید می شود به عنوان او تماس coronavirus همه گیر 'بدترین کابوس کامل طوفان'
- اولین MLB بازیکن را به زانو زدن در طول سرود ملی تحسین غول گیب Kapler به صورت نور درخشان در بی عدالتی
- شرکت صادرات و واردات کالاهای مختلف از جمله کاشی و سرامیک و ارائه دهنده خدمات ترانزیت و بارگیری دریایی و ریلی و ترخیص کالا برای کشورهای مختلف از جمله روسیه و کشورهای حوزه cis و سایر نقاط جهان - بازرگانی علی قانعی
- LeBron James پیشرو مقاومت مواجه برابر Kyrie Irving را به NBA راه اندازی مجدد ایستاده
- Inovio را می کشد بازگشت از 20 سال به بالا به عنوان دیرین گاو می گوید آن را "کمتر خوشایند' پس از تجمع اخیر
- دانلود آهنگ
- نیکز کیسه مراسلات پستی: جیمز دولان تصویر تغییر نکرده تحت نام تجاری جدید مشاور